工(gōng )藤新一是全(quán )国著名的高中生(shēng )侦探，在一次追查黑衣(yī )人犯罪团伙时不幸(xìng )被团伙成员发现(xiàn )，击晕(yūn )后喂了神奇的(de )药水(shuǐ )，工藤新一变(biàn )回(huí )了小孩！新一找到了经常(cháng )帮(bāng )助他(tā )的阿笠博士，博士为他度(dù )身打造不少间谍武器。为了防止犯罪(zuì )团伙对(duì )他(tā )进行报复，新(xīn )一(yī )决定隐姓埋名，暗(àn )中追(zhuī )查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了(le )阿笠博士的家(jiā )寻找男友的下落，被小兰(lán )撞见(jiàn )的新一情急之(zhī )下(xià )编造(zào )了自己名叫江户川柯南，随后(hòu )柯南寄(jì )居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和(hé )他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美(měi )等小学生，他们一起(qǐ )组织了(le )一个少年侦(zhēn )探团，向(xiàng )罪犯(fàn )宣(xuān )战！